A história se passa em um mundo parecido com o nosso onde digimons
são popularmente conhecidos através de jogos de cartas, videogames e
série de tv. Os Digimons, Digital Monsters, são programas primitivos de
computadores, antigos modelos de inteligência artificial que foram
esquecidos dentro da rede e foram evoluindo com os dados soltos dentro
da internet. Eles, por instinto selvagem, lutam uns contra os outros e
absorvem os dados do oponente para evoluir (digivolver) sua forma.
As antigas formas de inteligência artificial são o resultado de um
projeto iniciado nos anos 80 por um grupo de estudantes logo depois
fechado por falta de condições financeiras. Desde então, esses dados
esquecidos tem crescido dentro da rede junto das informações jogadas na
internet que ganhou força nos anos 90 formando os Digimons.
No fim dos anos 90, esses digimons dentro da rede começaram a
ultrapassar a barreira dos dois mundos aparecendo no mundo real através
da materialização orgânica de seus dados e assim começando os primeiros
ataques de digimons no mundo real. Para cuidar desses casos, foi criada
uma organização governamental chamada Hypnos, responsável por monitorar
a movimentação dos digimons (chamados por eles de selvagens ou Wild
One) dentro da rede para o mundo real.
A história se passa no oeste de Shinjuku, em Tóquio. O personagem
principal é Takato Matsuda, um garoto de 10 anos que tem uma vida
normal e é fanático por jogo de cartas de digimon. Tudo começa quando
ele encontra em meio a suas cartas de digimon, um misterioso cartão
azul que se transforma no seu digivice D-Ark, um aparelho arredondado
com um leitor de cartas ao lado. Quando Takato passa no leitor desse
digivice o desenho do digimon que ele criou, nasce Guilmon, um digimon
feito das informações do desenho de Takato. Até então, Takato nunca
imaginou que digimons poderiam existir, é como se ele estivesse vivendo
uma fantasia.
Ele nem imagina que existem outros digimons vivendo nesse mundo até que conhece Jenrya Lee e Ruki Makino.
Ruki é uma menina fria e orgulhosa que possui um digimon chamado
Renamon. Ela acredita que digimons são ferramentas de batalhas e que as
lutas são sua essência.
Jenrya Lee é um garoto de 10 anos bastante maduro para a sua idade,
seu digimon parceiro é o Terriermon. Ele acredita que digimons não têm
a necessidade de lutar como criaturas selvagens no mundo real da mesma
forma que acontece no mundo digital. Ele acredita que digimons podem
ser amigos dos humanos, ou seja, exatamente o oposto da Ruki.
No início há muitos desentendimentos entre eles, mas digimons
começam a aparecer no mundo real para atacar os humanos, então para
evitar os ataques desses digimons selvagens, eles deverão passar por
cima de suas diferenças e lutar ao lado dos digimons para protegerem
sua cidade. Logo, eles descobrem que tudo isso é mais complicado do que
parece e que isso é um jogo perigoso que envolve até mesmo organizações
poderosas do governo como o Hypnos.